La idea de conectar al centro de México con el sureste y en especial con la península de Yucatán, quedó establecida desde finales del siglo XIX en el Plan del Secretario de Hacienda José Yves Limantour y en la Ley Sobre Ferrocarriles del 29 de abril de 1899, que declaraba la construcción de líneas férreas prioritarias para el desarrollo de la nación. Entre ellas, se establecía como línea prioritaria una vía que uniera el Ferrocarril Nacional de Tehuantepec con Tabasco y Campeche, para conectar al centro del país con los ferrocarriles de Yucatán.
El proyecto se detuvo por varias décadas hasta que, en el año de 1934, durante la presidencia del General Lázaro Cárdenas, se realizaron los primeros estudios para la construcción de un Ferrocarril en el Sureste. En el periodo del primero de febrero al siete de septiembre de 1936, la construcción estuvo a cargo de la compañía “Líneas Férreas de México, S. A. de C.V.”, y en ese mismo año, por acuerdo del Poder Ejecutivo, la construcción de la línea fue responsabilidad de la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas, bajo la dirección del Departamento de Ferrocarriles y Vías Terrestres.
La ruta partiría en un punto al margen del río Coatzacoalcos en la localidad de Allende, y cruzaría los ríos Zanapa, en Tabasco; Mezcalapa y Usumacinta, en Chiapas y el río Champotón, en Campeche; hasta completar 738 kilómetros de vía a la ciudad de Campeche y entroncar con la línea de los Ferrocarriles Unidos de Yucatán. La ruta fue concluida e inaugurada el 29 de mayo de 1950 por el presidente Miguel Alemán y tuvo un costo de construcción de alrededor de 254 millones de pesos.